【何故レオナルドはナイトウォッチャー=ラファエロに気づかなかったのか】
レオナルドはナイトウォッチャーと戦いの最中、ナイトウォッチャーのヘルメットが取れたところで初めてラファエロがナイトウォッチャーである事を気づきます。しかし、ここで疑問何故レオナルドは出会った段階でナイトウォッチャーの正体に気づかなかったのでしょうか?
ケイシーはナイトウォッチャーと対面した際、見た目から亀である事に気づいた事からラファエロである事を一目で気づきました。つまり、ナイトウォッチャーは一目で亀ことが分かる外見なのです。巨大な亀が二足歩行なんてタートルズ以外おらず、レオナルドも普通なら気づきそうなのに何故気づかなかったのでしょうか?

考えられる話としてはレオナルドはニューヨークに戻った後、建設中のビルで魔物と遭遇します。この時にレオナルドは世界には自分達ミュータントのように人間社会では認知されていない生物がいる事を知りました。だからレオナルドの中で例えナイトウォッチャーと対面してもビルの魔物の仲間、もしくは人間や動物とは違う知能を持った生物と考えたのかもしれません(映画ではどのくらい反映されているか分かりませんが、TMNTの世界には異星人や異世界が存在して、その中には人間や動物とは異なる姿をした生命体が多数登場します。ちなみに新亀ではシュレッダーの正体はユートロムという宇宙生命体でありますが映画内では説明がないのでシュレッダーが人間なのか宇宙生命体なのかは謎です)
そして、レオナルドが亀の男=ナイトウォッチャーを見ても兄弟の事だと思わなかったのは、ラファエロ達兄弟が自分に嘘や隠し事をしてナイトウォッチャーになっているという発想がなかったからなのかもしれません。レオナルドは兄弟を強く信じていたけど、空白の2年の間にその信頼関係に綻びが生じていた事にレオナルドは気づいていなかった。だから、ナイトウォッチャーがラファエロだと知った時ひどく驚いたのかもしれません。

まとめ
・レオナルドがナイトウォッチャーの正体に気づかなかったのは世界にはミュータント以外にも未知の生物がいる事を知っていた事と兄弟への信頼から相手が亀でも兄弟という発想に至らなかった。