【ラファエロがナイトウォッチャーになったわけ】
レオナルドは修行で不在の為チームが事実上解散状態の中、ドナテロとミケランジェロは仕事を初めていますが、ラファエロはその間ナイトウォッチャーとして(ナイトウォッチャーが自称なのか他称なのかは分かりませんが)街の子悪党を退治する日々を送っています。他の家族はラファエロ=ナイトウォッチャーである事には気づいておらず、日中は眠ってばかりで修行にはほとんど参加せず夜は外出を繰り返すラファエロとは溝が生じています。
何故ラファエロはナイトウォッチャーになったんでしょうか?
これはラファエロの正義感の強さが悪党を野放しにする事を許せなかったという他、レオナルドがいた頃の日々への執着ではないでしょうか?
タートルズとしてチームで街の悪党を倒していた頃は例え街の人に正体を知られなくても志が同じの兄弟が己の正義を肯定してくれました。しかし、現状はチームの活動は行われず、他の2人もそれぞれ別の道を歩き始めている事にラファエロは内心焦燥感に駆られていたんじゃないでしょうか? 劇中でラファエロは自分達の事を「過去の亀」と自虐しますが、ラファエロ自身本当は自分達の存在や家族の絆が過去のものになることが耐え難い苦痛だったんじゃないでしょうか?
作中でラファエロは助けに来た人間に怯えられます。正義のヒーローとして活動しているのにその人からは自分が嫌悪する悪党と同列に並べられたことにラファエロは苛立ちます。更にはナイトウォッチャーの正体に気づいていないレオナルドからは自分の行為を否定されてラファエロの苛立ちは更に増していきます。その結果があの感情のままのあの戦いであり、冷静さを取り戻したラファエロはその場から逃げるように立ち去ります。
理想と現実・過去と現在・家族に対する自立心と依存心。相反する感情に苦しみ悩んだ結果があのナイトウォッチャーというヒーローだったのではないでしょうか?

まとめ
・ラファエロは過去に固執していた。
・現状の苛立ちを打破するためにナイトウォッチャーというヒーローを作り出した。