【ドナテロとミケランジェロが働いていたのは何故?】
タートルズの収入源は基本的に謎に包まれています(下水道やゴミ捨て場で拾ったゴミを再利用しているという考えもありますがそれにしては家の設備は充実しているし、何よりピザなどの地上の食べ物に困っている様子はない。また、旧亀・旧実写映画ではタートルズが現金を払ってピザを購入している場面がある)まぁ、メタ的にこの問題は物語を円滑に進める為にあえてそこら辺は制作サイドも無視しているんじゃないかと思っているのでそこはスルーしましょう(だってTMNTはフィクション。リアルに追及していたらフィクションは作れない)
けれど、この映画ではドナテロはITサポート・ミケランジェロは誕生日に子ども達をお祝いするエンターテインメントの仕事をしています(余談ですがミケランジェロの仕事内容は旧亀ではラファエロが行っている話があります。旧亀のオマージュなのかアメリカではミケランジェロの仕事はメジャーの仕事なのか?)何故2人が仕事をしているのかは詳しくは語られておらず、映画の最後でミケランジェロが仕事で使用していた被り物を手放すシーンからチーム復活の時に仕事は辞めた様子。このことから生活資金を稼ぐために仕事をしていたというのは少し疑問。何故ならタートルズが悪党を退治するのは一種のボランティアで一銭の収入にもならないからです。
ドナテロは新亀公式プロフィールなどでは、平和になったら大好きな発明や研究に没頭したいと望んでおり、現状の仕事内容と希望が一致しておらずレオナルドもその点について驚いています。何故平和な世の中になったのにドナテロは発明や研究ではなくこの仕事を選んだんでしょうか? 映画内ではエイプリルが忙しくなりたかったから仕事を始めたと語っていますがこの言葉だけでは2人の心境を完全に図る事は難しいです。
これも想像になりますが、ドナテロとミケランジェロは人間との繋がりが欲しかったのかなと思います。タートルズはフット団との戦いの中でエイプリルとケイシーという友人を得ました。しかし戦いが終わって、エイプリルは仕事に忙しくケイシーはエイプリルと同居をしている事で過去のような自由奔放さは減ってきています。彼らとの繋がりが希薄になってきた事に無意識に疎外感を感じていたんじゃないでしょうか? スプリンターはレオナルドにチームが元通りになるまで戦いを止めるように言っていたのでレオナルドがいない間は街に出向いて戦う事を禁じられていそうですし2人に会う機会は極端に減ったと思います。だから例え嫌な相手(機械音痴の人・しつけのなっていない悪ガキ)でも仕事を通して他者との繋がりが欲しかったのかなと。
映画の最後でミケランジェロが仕事を辞めたのは(ドナテロは仕事を辞めたという描写はありませんが映画の最後で4人で街を駆け回っていたので辞めたのではないでしょうか?)チームが復活し家族の絆を取り戻し、地上を出る事が出来て無理に人との繋がりを求めなくて良かったからではないでしょうか。

まとめ
2人が仕事をしていたのは金銭の為ではなく他者との繋がりを欲していたから。